V díle Jiřího Crugeria Sacri pulveres z roku 1669 čteme, že lidé zachráněni při tatarském vpádu postavili z vděčnosti na hostýnském vrchu sochu Panny Marie Ochranitelky. Až do třicetileté války stával na Hostýně kostelík zasvěcený Panně Marii, který byl hojně navštěvován poutníky. Na příkaz nekatolických majitelů panství byl však zbořen.
Dnešní bazilika má svůj počátek ve velkolepé stavbě, kterou financoval Jan z Rottalu a jeho potomci. Základní kámen byl položen v roce 1721. Dokončenou stavbu slavnostně posvětil olomoucký biskup Ferdinand Julius Trojer 28. července 1748. Od té doby byl chrám několikrát zničen a celá hostýnská hora opuštěna. Císařským nařízením Josefa II. z roku 1784 byl chrám prohlášen za zbytečný a poutě zakázány. V první polovině 19. století začali věřící organizovat sbírku na opravu chrámu, který byl znovu posvěcen v roku 1845.